Il nome di "Fontanella" quasi certamente arriva dalle numerose fontanelle esistenti in paese. Anticamente era chiamata "Fontanella Mantovana" perché è l'ultimo paese al confine con i territori di Cremona e Brescia. Il nome attuale è in ricordo e omaggio a don Bartolomeo Grazioli, martire di Belfiore, nativo di qui.
E' una terra antica questa di Fontanella, abitata fino dall'età neolitica, nel periodo di transizione, tra l'età della pietra levigata e quella del bronzo. Su "Enciclopedia Italiana" volume 13 pagina 108 si legge: "Fontanella fu uno dei primi villaggi abitati e riuniti secondo un concerto sociale della vita, essendo stata definita stazione preistorica… I sepolcreti (necropoli) di Fontanella forniscono i segni dell'antichità di transizione".
Fontanella ha notevole importanza anche dal punto di vista religioso. Ciò è testimoniato da quattro chiese antiche, di cui due ancora esistenti; della terza rimane solo il ricordo.
La più importante per devozione e arte è il Santuario della Malongola, la cui costruzione inizia verso la fine del 1200. Pregevoli gli affreschi, datati 1392: qualcuno vi ha voluto vedere l'impronta della scuola di Giotto.
La seconda chiesa per importanza è la parrocchiale, dedicata a San Bartolomeo apostolo, di antica origine (1195) demolita nel 1751, e al suo posto edificata l'odierna.
Possiede un organo costruito dalla ditta Amati di Pavia nel 1790, di cui il Tamburini scrive: "organo dotato di notevole sonorità e varietà timbrica: strumento di caratteristiche storiche, tecniche e foniche di assoluto interesse". L'altare maggiore è monumentale; reca la data 5 settembre 1623.
La parrocchia di Fontanella ricevette, fra le tante, la visita pastorale di due santi vescovi. Quella di San Carlo Borromeo nel 1580, che istituì la confraternita del Santissimo Sacramento e il Triduo dei Morti. Nel 1886 quella di San Pio X, allora vescovo di Mantova: di lui si conservano una pianeta bianca e alcune lettere autografe.